按照这个学说，咱们的祖先来自晚近时期的非洲，大概在 10 多万年前开始往世界各地扩散，还取代了当地的土著直立人和可能存在的早期智人。不过古人类学家觉得阿兰・威尔逊他们的研究，取样覆盖面和代表性不太够，而且光有线粒体 DNA 证据也说明不了全部问题，毕竟占基因组大部分的常染色体和父系传递的 Y 染色体还没研究呢。后来复旦大学金力院士实验室就转换了思路，按照多地区起源学说，中国人群里应该有本土直立人的后代，那能不能找到这些人呢？金力院士团队对全亚洲范围内不同族群的 12127 例男性样本进行 Y 染色体分型，结果发现，全部样本都带有走出非洲的遗传突变，压根儿没找到亚洲本土直立人的后代，这可算是支持中国人群晚近走出非洲学说的有力证据。
咱们的晚期智人祖先，和其他古人类在同一时代生活了挺长时间呢，比如说尼安德特人。尼安德特人在大约 12 万到 3 万年前，生活在欧洲及西亚，可奇怪的是，在 3 万年前左右突然就灭绝了。化石证据显示，尼安德特人和咱们的祖先早期现代人，极有可能共存了 2 万年。这么长时间的共存，而且他们的栖居地在中东和欧洲还有重叠，这就大大增加了尼安德特人和现代人直接发生基因交流的可能性。
2008 年有了二代测序技术后，可不得了，科学家能用极低的价格测得海量的 DNA 数据，古 DNA 研究一下子就蓬勃发展起来了。2010 年，德国马普研究所和哈佛医学院的研究组，对已经灭绝的尼安德特人全基因组测序分析，发现非洲现代人里，一点儿尼安德特人的遗传成分都没有，可在非洲之外的现代人群里，都有 1%-4% 的尼安德特人基因组成分。很有可能啊，是咱们的祖先离开非洲后，走到近东地区，碰到了尼安德特人，然后就发生了基因交流。
后来，4 万年前生活在北亚的另一种已经灭绝的古人类丹尼索瓦人的全基因组也被解析出来了。在亚洲大陆上的现代人群中，只有极低比例，大概 0.3% 的丹尼索瓦人的遗传成分。可在大洋洲的新几内亚土著人群里，却发现了大约 6% 的遗传比例。这很可能是新几内亚土著的祖先，在迁徙途经中南半岛时，接触到了丹尼索瓦人群体，然后就有了基因交流。从这些古基因组学的研究成果来看，包括咱们中国人在内的现代人类，主体起源于非洲，只有极少的遗传成分，来自已经灭绝古人类的杂交混血。
咱们的祖先和尼安德特人混血之后，继续往亚洲走，过了好几万年，到了距今 9000 年左右，在黄河流域和长江流域，独立发展出了农业，人们开始过起非常稳定的定居生活，人口也大规模增长起来。
科学家对中国的男性进行大规模父系 Y 染色体测序分型，这测序好处可多了，能知道所测区域上每个位点的突变情况。然后呢，根据一定的突变率，就能推算各个支系分化的时间。结果发现，在中国人群里，有三个比较明显的 “星状扩张”。啥叫 “星状扩张” 呢？你就这么理解，有三位超级男性祖先，他们娶了好多老婆，生了好多孩子，孩子又生了好多孩子，这样他们的 Y 染色体就以他们为中心，快速往外扩张，以至于现在中国一半的男人，都是这三个超级祖先的后代。更有意思的是，这三个星状大扩张发生的时间，分别是在 5400 年、6500 年、6800 年前，巧了，中国北方全面转入农业阶段的时间，也正好是在 6800 年前，这还和黄河中游 6900 - 4900 年前的仰韶文化，黄河上游 6000 - 4900 年前的马家窑文化，以及黄河下游 7400 - 6200 年前的北辛文化、6200 - 4600 年前的大汶口文化等时间相契合。所以啊，咱们可以认为，这三个在新石器时代晚期快速扩张的支系，奠定了东亚的父系遗传基础，汉族甚至是中国人的传承，有着很好的连续性。从另一个角度看，中国的农民是本土扩张的，这和中国农业的本土起源是一致的。这和欧洲可不一样，欧洲的农业是由近东的农民扩张带进去的，欧洲现有的大部分 Y 染色体支系，也是由近东农民贡献的。
人口增长之后，当地的资源就不够用了，没办法，人群就得迁徙。黄河流域的祖先就开始长途跋涉，去开辟更多的领地。有一批人群就走上了青藏高原等地，和那里的土著人群混合，慢慢就变成了现在的藏族、彝族和纳西族等藏缅语人群。黄河流域农业人群的另一个分支，走向东边和南边，逐渐就变成了汉族人群。汉族按语言能分成十大方言，从遗传学角度看，各汉族群体在地理上有细微差异，但远没有语言上的差异大。汉族还能以长江为界，分为北方汉族和南方汉族两个遗传亚群。同样，长江流域人群也有分支，一个分支迁徙到中国东南，跨过台湾海峡到了台湾，然后从台湾到东南亚，最远都能到达非洲的马达加斯加，这就是南岛语系的起源和扩散。还有一个分支走向中国西南地区，慢慢演化成了现在的壮族、侗族和水族等壮侗语人群。
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